セットアップ時はsetup.exe→setup1.exeという順で実行されるので、 それを利用して、外付けのモジュールを実行させる。

setup.lst 内のSpawn=をかきかえる

[Bootstrap]
SetupTitle=ｾｯﾄｱｯﾌﾟ
SetupText=ｺﾋﾟｰしています。しばらくお待ちください。
CabFile=PTA.CAB
Spawn=Setup1.exe   ←これをSpawn=startsetup.bat というように置き換える
Uninstal=st6unst.exe
TmpDir=msftqws.pdw
Cabs=1

独自モジュール内（上記例ではstartsetup.bat）で、setup1.exe を呼び出す。 その際の以下のパラメータを受け取り

1. 1,ｺﾋﾟｰ元ﾃﾞｨﾚｸﾄﾘ、
2. 2,ﾛｸﾞﾌｧｲﾙの名前/ﾊﾟｽ、およびｱﾌﾟﾘｹｰｼｮﾝ
3. 3,削除ﾕｰﾃｨﾘﾃｨの名前/ﾊﾟｽ

startsetup.bat内でsetup1.exe を上記パラメータをつけて実行する。 とすることにより、標準のセットアップが可能。 その後独自処理を記述する 例えば

start /w setup1.exe %1 %2 %3
rem ########ショートカット作成
if not exist "C:\PROGRAM FILES\sample.exe" goto end
cscript "C:\PROGRAM FILES\DesktopShortcut.vbs"

  http://support.microsoft.com/kb/831491/ja

SideBySide?によってい再起動してくださいが繰り返す場合 以下のモジュールを除外する

OLEPRO32.dll
OLEAUT32.dll
ASYCFILT.dll
STDOLE2.tlb

MSVCRT.dll
MSVCRT20.dll
MSVCRT40.dll
Msvcirt.dll
MFC42.dll
MFC40.dll

  inputmanの場合は imbase6.dll imshare6.dll を含める
  leadtool は・・