参考) http://norimaki2000.blog48.fc2.com/blog-entry-1492.html

dism /online /add-package /packagepath:"C:\Windows\servicing\Packages\Adobe-Flash-For-Windows-Package~31bf3856ad364e35~amd64~~10.0.14393.0.mum"

とし、再起動することでIE11のFlashが有効になる。